13世纪中开始，吴哥王朝国力渐渐衰退，1431年暹罗占领吴哥地区，更摧毁许多建筑和灌溉设施。王室被迫搬离吴哥，整个地区除了做为佛教圣地之用的吴哥窟外，几乎完全荒废。
考古学者对于吴哥地区的荒废提出几个理由：大部分学者认为导致吴哥的荒废最直接的原因就是与暹罗间连年争战。13世纪暹罗逐步侵犯吴哥地区，至1431年暹罗占领吴哥后，大肆毁坏城市建设。
灌溉系统遭破坏后，赖以为生的田地无法耕种，吴哥王室遂迁都金边。吴哥民众部分迁移至暹罗首都，部分随王室搬到金边，弃守后的吴哥渐渐凋零。
部分学者认为，吴哥人的信仰自印度教转变为小乘佛教后，佛教教义否定对王族个人崇拜，使得原本基层民众对“神王”的尊崇遭到破坏，王权对人民的束缚逐渐松散。
连年与暹罗的战争使得王室对公共工程建设越来越疏于照管，吴哥地区稻田的灌溉系统一旦没有好好维护，生产食粮便不足以应付庞大的人口，经济规模也随之减小，导致人口外移。
澳洲学者组成的大吴哥研究计划（grekor）于2007年指出，灌溉系统成就了当时的吴哥城，但也可能因为庞大的系统中部分灌溉渠道错置，导至过度开发水资源，造成水源枯竭。
方济各会修士安东尼奥达连那、1857年驻马德望的法国传教士夏尔布意孚神父，均有报告吴哥状况，但未引人注意。1860年1月，法国学者亨利?穆奥在森林中发现吴哥遗迹，并出版此趟旅行记录，世人开始对吴哥产生兴趣。
1863年法国殖民地政权建立，学者慕名而来挖掘丛林中的吴哥遗址。1866年，法国殖民政fu开始进行系统研究，19年后编定一份吴哥王室年表。
二次世界大战后柬埔寨王国独立，虽然持续对吴哥进行维护，但在20世纪后半，柬埔寨出现政治和军事动‘乱’，越战、赤柬、内‘乱’等等，使得吴哥庙宇群也遭到破坏和窃盗。
1992年联合国教科文组织宣布将吴哥古迹列入世界文化遗产，国际修缮团队进驻吴哥遗址群，至今仍持续修护中。;--71;